Schlachttiere unterliegen vor und nach der Schlachtung einer amtlichen Untersuchung (Schlachttier- und Fleischuntersuchung). Überwiegend betrifft dies Nutztiere (Rinder, Schweine, Pferde, andere Einhufer, Schafe, Ziegen, Kaninchen), Geflügel (Enten, Gän-se, Hühner, Truthühner/Puten, Wachteln) und Wild (Haarwild, Federwild).

Das Ziel dieser Untersuchungen ist, etwaige krankheitsbedingte Veränderungen am gesamten Tier sowie an bestimmten Fleischteilen oder Organen festzustellen. Es darf nur Fleisch zum Verzehr für Menschen freigegeben werden, das als „tauglich“ beurteilt und mit einem Stempel gekennzeichnet ist.

Eine weitere Aufgabe ist die Entnahme einer Gehirnprobe bei über 96 Monate alten Rindern und über 18 Monate alten Schafen. Sie wird auf das mögliche Vorhandensein des BSE-Erregers (bei Rindern) oder des Scrapie-Erregers (bei Schafen) untersucht.

Des Weiteren werden nach einem Stichprobenplan Proben von den Tieren entnommen und diese z.B. auf Arzneimittel, Hormone oder chemische Rückstände untersucht.